义乌出入境检验检疫局前身为义乌进出口商品检验局，建于1995年。1999年，根据国务院机构改革方案，原国家进出口商品检验局、国家动植物检疫局、国家卫生检疫局“三检”职能合一，组建新的出入境检验检疫局。中华人民共和国义乌出入境检验检疫局，于1999年11月15日正式挂牌，是负责义乌市所辖区域内的出入境卫生检疫、动植物检疫、进出口商品检验、鉴定、认证和监督管理的行政执法单位，是浙江出入境检验检疫局设在义乌的分支机构，实行垂直管理体制。

义乌出入境检验检疫局内设办公室、法制与综合业务处、稽查处、检验检疫一处、检验检疫二处、检验检疫三处、检务处及政工处等8个科室，并设有综合技术服务中心、浙江国际旅行卫生保健中心义乌分中心和中国检验认证集团浙江有限公司义乌分公司等机构。全局现有职工134人。

自成立以来，义乌出入境检验检疫局始终坚持“忠于职守、勇于负责、严格把关、保国安民”的工作方针，认真贯彻落实科学发展观，与时俱进，开拓创新，积极为义乌地方经济社会的健康快速可持续发展发挥应有的作用。截止2007年，义乌出入境检验检疫局机关党支部连续十年被评为义乌市直机关党工委“先进党组织”，2007年度被评为义乌市直机关党工委“学习型党组织示范单位”；局机关荣获“全国质检系统法制工作先进集体”、连续七年度荣获浙江检验检疫系统“文明单位”称号，先后被评为“金华市级文明单位”和“浙江省卫生先进单位”；检务窗口荣获“省级青年文明号”、中检义乌分公司荣获“义乌市级青年文明号”等等。